A Közgyűlés az Egyesület legfőbb szerve, amelyet a tagok összessége alkot. A Közgyűlést évente legalább egyszer össze kell hívni.
Az Elnökség két Közgyűlés közötti időszakban – a kizárólagos hatásköröket kivéve – gyakorolja a Közgyűlés hatáskörét, irányítja az Egyesület működését. Az Elnökség szükség szerint, de évente legalább kétszer ülésezik.
Az Egyesület ellenőrző szerve az Ellenőrző Bizottság, amely három főből áll. Tagjait, közöttük az Elnököt a közgyűlés választja öt évre azon személyek közül, akik a közhasznú szervezetek tisztségviselőivel szemben támasztott követelményeknek megfelelnek. Tagjai társadalmi megbízatásban járnak el. Az Ellenőrző Bizottság feladata az egyesületi szervek, valamint a jogszabályok, az alapszabály és az egyesületi határozatok végrehajtásának, betartatásának ellenőrzése.
A HUNGRAIL szakmai tevékenységének gerincét az állandó bizottságok kereteiben végzett, széleskörű szakmai tapasztalatra és szaktudásra épülő munka adja. A bizottságok közreműködésével az Egyesület minden vasutat érintő komplex ügyben átfogó, részletes választ ad, és az érintett felek érdekeit egyaránt figyelembe vevő megoldásra tesz javaslatot.
A munkacsoportok egy adott téma megtárgyalása érdekében alakulnak mely küldetésének teljesítésének végeztével megszűnik.